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本院於民國46年7月1日創立，原名「臺灣永康榮民醫院」係由臺灣省衛生處代管，院區面積5.58公頃，47年改棣「行政院國軍退除役官兵就業輔導委員會」成立之初為「慢性病療養醫院」，設有「醫務」、「輔導」、「總務」三個組及會計、人事管理人員，總員額53人。
爾後因人員設施不斷的擴充以及榮民總醫院技術支援，48年5月1日本院經輔導會指定為南部地區重點治療醫院。55年10月4日改銜為「行政院國軍退除役官兵輔導委員會永康榮民醫院」，62年至79年歷經多次修編轉型為綜合醫院。
79年起本院經行政院衛生署納入全國醫療網第二、三期整建計畫，84年至87年相繼完成醫療網計畫設置病床850床、醫療部門三部26科（內、外科部、護理部、精神科、婦產科、小兒科、眼科、皮膚科、牙科、復健科、放射線科、藥劑科、病理檢驗科、營養科、耳鼻喉科、急診醫學科、加護醫學科、傳統醫學科、一般內科、呼吸治療科、胃腸科、心臟內科、高齡醫學科、社區醫學科、一般外科、創傷科、骨科、麻醉科、泌尿科），行政部門6室（醫務企管室、社會工作室、秘書室、人事室、主計室、政風室），附設部門3個（居家護理所、護理之家、精神護理之家），並以任務編組方式成立醫療部、醫務組、病歷及疾病分類組、申報績效組、資訊組、工務組、研考組、總務組、環安組等方有今日規模。
為因應榮民醫療體系組織整合，本院於101年1月1日與高雄榮民總醫院完成垂直整合改制改名為「高雄榮民總醫院臺南分院」，在醫學中心大力協助之下運用豐富的既有資源及本院現有全方位醫療照護〈急性、慢性、長期照護、居家護理、安寧共照〉之基礎，整體目標朝向「溫馨、精緻、優質」之健康照護園區發展，推動秉持「以客為尊、視病猶親」顧客為導向的經營理念，建立有系統有組織的專業形象。本院除執行政府全民健保政策外同時支援臺南、岡山、佳里等榮家及社區醫療服務。由於醫療設備逐次更新，人員不斷補充，榮民總醫院技術支援，已具有現代化醫院水準，刻正積極羅致專業人才，不斷擴增各項醫療設施提升醫療服務品質，以嘉惠社會大眾。
- 84年至99年本院經多次評鑑均獲評為「地區教學醫院」。
- 89年成立護理之家50床。
- 90年開辦役男徵兵體檢。
- 92年6月成立居家護理。
- 94年1月護理之家增設90床、7月成立精神護理之家45床。
- 95年通過ISO9001、15189驗證。
- 96年開辦軍校招生體檢、參加毒隱減害替代療法醫院、全院導入醫療影像傳輸系統(PACS)。
- 100年通過ISO27001驗證、4月成立安寧共照業務、通過WHO網絡醫院認證。
- 101年通過國健局高齡友善醫院認證。
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