民國七十年代，本院即有復健治療室提供病患復健服務，本科在民國八十四年醫院新大樓完工時正式成立復健科；初期由高雄榮民總醫院復健科劉憶平主任及梅紹京主任給予技術支援，民國八十七年至九十五年間由專任醫師劉榮泰主任領導復健團隊，民國九十五年至九十六年間由王綺雁醫師擔任復健科主任，於民國九十六年至今為復健專科醫師王一舟主任領導本院復健團隊。在現任王瑞祥院長的鼎力支持及全體同仁團結努力下，本科日趨穩健成長，目前是頗具規模的復健治療中心。
復健科位於醫療大樓地下室，總面積約有一百八十坪，空間規劃包括電療室、水療室、運動治療室、職能治療室、兒童物理與職能治療室和語言治療室。復健科之配置人員包括：復健專科醫師二名、特約醫師一名、物理治療師十名、物理治療生一名、職能治療師七名、語言治療師二名、個管師二名及書記一名。
本科目前設有物理治療、職能治療、及語言治療，主要接受門診、會診及住院病患之復健治療。提供急性、慢性肌肉骨骼系統疼痛及一般骨科疾患、神經疾患、兒童疾患復健治療等服務。執行玻尿酸注射，注射至膝關節腔，其作用能夠增加潤滑，以防止肌腱黏著，避免關節攣縮，進而增進關節活動範圍，更可抑制軟骨持續磨損惡化。此外，對於周邊血管循環差或慢性病患者，可透過靜脈氦氖雷射治療(ILIB)方式，增加細胞粒腺體的活性及強化紅血球的攜氧能力、增強紅血球的彈性變形活力及改善循環。特別設立急性後期之醫療照護模式(PAC)，結合跨團隊的復健模式，建立「全方位」的照護，以達最佳的治療成效，促進生活功能與品質。
因應高齡化社會的來臨及在宅老化目標，本科積極配合政府相關長照政策，深耕社區與照顧地方民眾，如居家復健服務、至榮譽國民之家執行相關復健服務等，讓復健服務與長期照護緊密接軌，以提供更完善及貼心的醫療服務。我們以本院核心價值：溫馨、精緻、優質等理念出發，提供民眾「視病猶親」的全人服務，以期提供民眾更完善的復健醫療服務，增進其身體機能、心理狀態、社會適應及自我照顧之能力。