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本室於民國46年7月1日醫院創立之初，原名為「醫務組」下轄醫療及醫務行政等相關作業單位，歷經多次的組織修編，醫療各科相繼獨立運作，民國63年「醫務組」亦隨之更名為「醫務行政室」屬醫院一級單位，負責醫務行政等相關事務之推動。
因應榮民醫療體系三級整合，民國101年1月1日正式改制更名為「高雄榮民總醫院臺南分院」，本室再更名為「醫務企管室」，隨著醫院的業務發展及所轄業務之持續擴增，配合醫院政策，為促使本室各項業務能順利推動，106年起將醫務企管室分為醫務組、費用組、病歷品質組、績效企畫組、資訊組等。醫務企管室設主任1人，下轄五個臨時編組計49人。
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