本院於中華民國46年7月1日創立，原名「台灣永康榮民醫院」，係由台灣省衛生處代管；47年改隸「行政院國軍退除役官兵就業輔導委員會」；為因應榮民醫療體系組織整合，101年1月1日與高雄榮民總醫院完成垂直整合改制改名為「高雄榮民總醫院臺南分院」，原「會計室」名稱配合組織改制改名為「主計室」。